롱리드 시퀀싱 기법이 고도화됨에 따라 전세계에서 집단 수준의 대규모 롱리드 유전체 연구가 활발하게 진행되고 있다. 이러한 집단 수준의 유전체 지도 작성 연구는 판지놈(Pangenome) 프로젝트라 불리며, 20세기 말 진행된 휴먼 게놈 프로젝트(Human Genome Project)의 현대 버전이라 부를 수 있다.
국립보건연구원에서 진행하고 있는 한국인 판지놈 프로젝트는 이 현대화된 게놈 프로젝트의 한국형 버전이다. 본 강의에서는 이 한국인 판지놈 프로젝트에서 확보된 그래프 기반 판지놈(Graph-based pangenome) 데이터를 활용하기 위한 실습을 진행하고자 한다. 해당 한국인 판지놈 그래프 초안을 활용하는 방법을 익혀둠으로써, 향후 한국인 판지놈 프로젝트에서 제공될 대규모 유전체 데이터를 활용하기 위한 기초 지식을 습득할 수 있기를 기대한다.
개인 노트북,
리눅스 기본 명령어 활용법 습득, 또는 다음 링크에서 리눅스 기본 명령어 습득하기
https://github.com/JunKimCNU/JunKimLabTutorial/ ("까만 바탕에 하얀 글씨-리눅스에서 작업 하기")
| 구분 | 세션 | 시간 | 강의내용 | 강사명 | 비고 |
|---|---|---|---|---|---|
| Day 1 | Session 1 | 00:00~00:00 | 롱리드 시퀀싱 기본 개념 | 김준 | 강의 (녹화) |
| Day 1 | Session 2 | 00:00~00:00 | 롱리드 시퀀싱 기반 연구 사례 1 | 김준 | 강의 (녹화) |
| Day 1 | Session 3 | 00:00~00:00 | 롱리드 시퀀싱 기반 연구 사례 2 | 김준 | 강의 (녹화) |
| Day 1 | Session 4 | 00:00~00:00 | 롱리드 시퀀싱 기반 연구 사례 3 | 김준 | 강의 (녹화) |
| Day 2 | Session 1 | 09:20~10:50 | 한국인 판지놈 프로젝트 소개 | 김영진 | 강의 (대면) |
| Day 2 | Session 2 | 11:00~12:30 | 롱리드 시퀀싱 기반 판지놈 구축 개요 | 김준 | 강의 (대면) |
| Day 2 | Session 3 | 14:00~15:30 | 유전체 지도 기반 그래프 구축 실습 | 김준 | 실습 (대면) |
| Day 2 | Session 4 | 15:40~17:10 | 판지놈 그래프를 활용한 숏리드 시퀀싱 데이터 분석 실습 | 김준 | 실습 (대면) |