강좌 정보
2025 제21회 동계워크샵
2025 The 21st KOGO Winter Workshop
기본 개요
강좌명
Long-read RNA Analysis with Nanopore Sequencing
주강사
장혜식 (서울대학교)
조교
이한주, 구자영, 주소현, 이소정 (서울대학교)
날짜
2025.02.05 12:30 ~ 2025.02.05 16:30
강좌 방식
이론+실습 / 오프라인
강좌 정보
기존 RNA 시퀀싱 기법은 RNA 발현량을 분석하는 데 있어 널리 사용되는 편리한 도구로 자리 잡아 왔다. 그러나 짧은 리드를 생성하고, cDNA를 합성한 후 분석하기 때문에 RNA 수식에 대한 정보가 대부분 손실되어, RNA의 조절 단계에 따른 세부 정보를 충분히 제공하지 못하는 한계가 있다. 이에 반해, 나노포어 시퀀싱을 이용한 직접 RNA 서열 분석(direct RNA sequencing)은 RNA의 발현량뿐만 아니라 스플라이싱, m6A, m5C, inosine, pseudouridine 등의 다양한 RNA 수식과 폴리(A) 꼬리를 동시에 분석할 수 있어, 각 조절 요소 간의 연관성과 인과관계를 보다 심층적으로 파악할 수 있다. 따라서 전사체 조절에 대한 이해가 크게 향상된다. 본 강의는 나노포어 시퀀싱과 RNA 분석을 처음 접하는 수강생을 대상으로, 나노포어의 기본 원리, 주요 용어, 개념을 소개하고, 나노포어 RNA 분석 데이터를 직접 다루어보는 실습을 제공하고자 한다.
기타
인터넷 접속 필요여부
웹서핑
동영상
파일 다운로드
기타 (Google Colab 접속)
교육생 개인 노트북
필요 필요하지 않음
세부 안내사항
Google colab 접속 가능해야 함.
수강생 수준
강좌 난이도: 하 / 수강생 수준: Python과 Linux에 대해 약간의 이해가 있으면 도움이 됨, 기본적인 생물학 용어 이해 가능해야 함.
수강생 준비물
개인 노트북
기타 안내사항
미리 Google Colab과 Google Drive에 접속 가능한 계정을 소유하고 있어야 하며, 개인 Google Drive 계정에 2GB 이상 여유공간 필요함.
교육일정
구분 세션 시간 강의내용 강사명 비고
Day 1 Session 1 12:30~13:50 나노포어 시퀀싱과 direct RNA sequencing의 이해 장혜식 강의
Day 1 Session 2 14:05~14:50 나노포어 시퀀싱 기본 도구 사용법베이스콜링, 매핑, 정량 실습 이한주, 구자영 실습
Day 1 Session 3 15:00~15:25 Direct RNA sequencing에서 RNA수식 분석과 폴리(A) 꼬리 분석 방법론 장혜식 강의
Day 1 Session 4 15:35~16:30 Direct RNA sequencing의 RNA 수식 분석, 폴리(A) 꼬리 상태 및 변화 분석 실습 주소현, 이소정 실습