KOGO:: Workshop

기본 개요

강좌명: 단일세포전사체 응용 #2: Spatial Data Analysis
주강사: 최정민 (고려대학교)
조교: 이다준, 홍주현, 황아영 (고려대학교)
날짜: 2024.07.25 09:20 ~ 2024.07.25 15:30
강좌 방식: 이론+실습 / 오프라인

강좌 정보

단일세포 유전체분석의 발전으로 단일세포 수준에서의 세포 간의 이질성을 확인할 수 있게 됨에 따라 다양한 생물학적 기전에 대한 이해가 높아지고 있다. 이에 더불어, 공간 전사체 분석 기술의 등장으로 세포들의 공간적 특징을 고려할 수 있게 되어 보다 고차원적인 시각으로 기전을 이해할 수 있게 되었다. 본 강좌에서는 사람의 배외측 전전두피질 조직에서 얻어낸 10x Visium 데이터를 이용해 전반적인 공간 전사체분석을 진행, 그에 대한 생물학적 해석을 하는 것을 목표로 한다.

기타

인터넷 접속 필요여부: 웹서핑

동영상

파일 다운로드

기타
교육생 개인 노트북: 필요 필요하지 않음
세부 안내사항: 노트북 메모리 RAM 8GB 이상
수강생 수준: 강좌 난이도: 중 / R 및 python 기본 명령어 사용 가능한 초보자를 위한 실습
수강생 준비물: 개인 노트북
기타 안내사항: R studio, R (>= 4.2), github (https://github.com/JuhyeonHong/2024_KOGO_summer_workshop) 의 prerequisite section에 기재되어 있는 R object 파일과 실습에 필요한 package ( 실습 슬라이드 20 페이지에 기재 되어있는 R library) 들을 미리 다운로드해야 원활한 실습 진행이 가능함

교육일정

구분	세션	시간	강의내용	강사명	비고
Day 1	Session 1	09:20~10:50	Intro to Spatially Resolved Transcriptomics (SRT)	최정민	강의 (오프라인)
Day 1	Session 2	11:00~12:30	1. SRT Introduction2. SRT Preprocessing	이다준, 홍주현, 황아영	강의/실습 (오프라인)
Day 1	Session 3	14:00~15:30	3. SRT Analysis4. SRT Workflows	이다준, 홍주현, 황아영	강의/실습 (오프라인)