강좌 정보
2023 제17회 통계유전학워크샵
17th Asian Institute in Statistical Genetics and Genomics
기본 개요
강좌명
Spatially resolved transcriptomics 분석 방법론과 실습 (단일세포전사체 응용 2)
주강사
최정민 (고려대학교)
조교
김지현, 유광민, 홍주현 (고려대학교)
날짜
2023.07.19 09:20 ~ 2023.07.19 15:30
강좌 방식
오프라인 / 이론+실습
강좌 정보
단일세포 유전체분석의 발전으로 단일세포 수준에서의 세포 간의 이질성을 확인할 수 있게 됨에 따라 다양한 생물학적 기전에 대한 이해가 높아지고 있다. 이에 더불어, 공간 전사체분석 기술의 등장으로 세포들의 공간적 특징을 고려할 수 있게 되어 보다 고차원적인 시각으로 기전을 이해할 수 있게 되었다. 본 강좌에서는 사람의 배외측 전전두피질 조직에서 얻어낸 10x Visium 데이터를 이용해 전반적인 공간 전사체분석을 진행, 그에 대한 생물학적 해석을 하는 것을 목표로 한다.
기타
인터넷 접속 필요여부
웹서핑
동영상
파일 다운로드
기타
교육생 개인 노트북
필요 필요하지 않음
세부 안내사항
노트북 메모리 RAM 8GB 이상
수강생 수준
R 및 python 기본 명령어 사용 가능한 초보자를 위한 실습
수강생 준비물
[실습 프로그램 리스트]
- R: https://cloud.r-project.org/
- R studio: https://posit.co/downloads/
- Python: https://www.python.org/
- Jupyter notebook: https://jupyter.org/

[실습 파일 리스트]
- 파일명: https://github.com/JuhyeonHong/2023_KOGO_summer_workshop/
prerequisite section에 기재되어 있는 R 오브젝트 파일과 실습에 필요한 package(PPT page.23 R library)들을 미리 다운로드

* 실습 코드 및 자료를 Github를 통해 배포할 예정입니다. 실습 분석에 필요한 라이브러리 설치에 시간이 오래 소요되니, 실습 전에 미리 설치해 오시기 바랍니다.
기타 안내사항
-
교육일정
구분 세션 시간 강의내용 강사명 비고
Day 1 Session 1 9:20~10:50 Intro to Spatially Resolved Transcriptomics (SRT) 최정민 강의
Day 1 Session 2 11:00~12:30 1. SRT Introduction 2. SRT Preprocessing 김지현, 유광민, 홍주현 강의/실습
Day 1 Session 3 14:00~15:30 3. SRT Analysis 4. SRT Workflows 김지현, 유광민, 홍주현 강의/실습